Eindhoven werd zwaar getroffen door bombardementen tijdens de Tweede Wereldoorlog. Voornaamste doelwit was de Plilipsfabrieken. Het station bleef redelijk gespaart. Toch werd het in de jare vijftig vervangen door een nieuw station. De spoorbaan liep tot dan toe gelijkvloers door de stad en vormde zo een hinderlijke barriëre. Bij de wederopbouw van het centrum van Eindhoven werd de spoorbaaan verhoogd en zo'n 100 meter verplaatst richting het noorden. De aansluiting op de spoorlijn naar Valkenswaard, ten westen van station Eindhoven, werd verplaatst naar Geldrop.

Aanvankelijk was architect Van Ravesteyn belast met het ontwerp. Hij ontwierp de viaducten en de spoortunnel. Het station zelf werd echter door Van der Gaast ontworpen. Waarom Van Ravesteyn halverwege "van het project is gehaald" weet ik niet precies, maar het feit dat Van Ravesteyn in die tijd opdracht kreeg om het nieuwe Centraal Station van Rotterdam te ontwerpen zou er mee te maken kunnen hebben. Hoe dan ook, voor Van der Gaast was dit zijn eerste grote stationsontwerp. Het station bestaat uit een groot stationsgebouw met een hoge klokkentoren en een, zeker voor die tijd, vrij lage perronoverkapping. Deze perronoverkapping is zo laag omdat de stoomlocomotieven nagenoeg verdwenen waren. Er hoefde dus geen hoge overkapping gebouwd te worden om de rook af te voeren. Bovendien werd tijdens de bouw de lijn geëlectrificeerd. Zodoende kon de bovenleiding aan de spanten van de overkapping bevestigd worden. Begin jaren negentig werd aan de noordkant een tweede, volwaardige, stationsgebouw met een busstation gebouwd. Het station is in 2006 door de Gemeente Eindhoven tot gemeentelijk monument verklaart.