Het oude stationsgebouwtje uit 1901 was allang niet meer op haar taak berekend. Al sinds de jaren zeventig was al duidelijk dat het station te klein was. Vooral in de spits was het er vaak zo druk dat het station compleet verstopt raakte. Er werd nog wel een tweede voetgangersviaduct (een lelijke feloranje "luchtsluis") gebouwd, maar daarmee was het probleem niet opgelost. Tegelijkertijd ontstonden rond het station diverse grote kantoorgebouwen. Het toch al niet zo grote stationsgebouw viel helemaal weg tussen de kantoor-kolossen. In 1995 werd het oude station van Amersfoort gesloopt, en werd een begin gemaakt met een totale metamorfose van het stationsgebied. Behalve de bouw van het nieuwe stationsgebouw werd een derde perron aangelegd en verdwenen de twee zaksporen van de bestaande perrons. Het nieuwe stationscomplex werd op 31 oktober 1997 in gebruik genomen.
Het indrukwekkende gebouw bestaat uit twee lange kantoorvleugels met daartussenin het eigenlijke stationsgebouw De rechtervleugel, die al in 1989 werd gebouwd, heeft een sierlijke gebogen voorgevel. Dit is gedaan om een "omsloten" voorplein te creëren, maar ook omdat achter het gebouw een spoorlijn ligt. Deze spoorlijn was ooit de voormalige internationale lijn naar Duitsland via Kesteren, maar doet tegenwoordig alleen nog maar dienst als goederenlijntje naar Leusden.
Het stationsgebouw zelf bestaat uit een grote glazen voorgevel met aan weerszijden een opvallende hoge uitstulping. Deze lensvormige uitbouwen staan op twee hoge witte pilaren.
De grote hal loopt naadloos over in een luchtbrug naar de lager gelegen perrons. De luchtbrug is veel breder dan die van het oude station. Aan de westkant van de perrons werd een tweede luchtbrug gebouwd die uitkomt op het busstation.