Het oude station Blaak had als primeur dat het het eerste viaductstation van Nederland was. Het nieuwe station Blaak heeft ook een primeur: het is het eerste station in Nederland dat volledig ondergronds is. Het nieuwe station moest ondergrond worden aangelegd, omdat het spoor vrijwel meteen na het Centraal Station de diepte in duikt. Bovendien kruist de spoortunnel ter hoogte van station Blaak de bestaande metrolijn. Bij de bouw van het metrostation Blaak, in de jaren zeventig van de 20e eeuw, was al rekening gehouden met een eventuele aanleg van een spoortunnel. De tunnelbak en de perrons konden onder het metrospoor worden geschoven. De twee perrons kwamen op een diepte van zo'n 14 meter te liggen. Daarmee zijn dit waarschijnlijk de laagst gelegen perrons van Nederland.
.Alhoewel het station zich volledig onder de grond bevind, wil dit niet zeggen dat het station boven de grond onherkenbaar is en daardoor onvindbaar zou zijn. Integendeel! Boven de trappen hangt een grote glazen schotel, die de ingang van het station markeerd. De schotel heeft een diameter van zo'n 35 meter en is opgehangen aan een enorme witgekleurde, stalen boog. Aan deze boog hangen lampen die afwisselend een blauwe of gele kleur kunnen schijnen. Het idee hierachter was dat, men de treinen "kon zien aankomen of vertrekken". Ik heb de lampen echter niet in bedrijf gezien…
Het station werd in september 1993 in gebruik genomen. Tegelijkertijd werd het luchtspoor buiten dienst gesteld. Een jaar later werden ook het tweede perron en de overige sporen in gebruik genomen.