Meppel wordt vaak beschouwd als een waterstaatstation 2e klasse. Dit is niet waar, het is een grotere versie van een 3e klasse station. Rond 1867 realiseerde men zich, dat een standaard 3e klasse station voor de grotere plaatsen wat aan de krappe kant bleek. Voor Almelo, Enschede en Meppel werd daarom een variant ontworpen waarbij het middendeel wat breder is dan bij de overige 3e klasse waterstaatstations, zoals in Alkmaar of Harlingen. Het bleef overigens bij drie stations die volgens dit vernieuwde ontwerp werden gebouwd. In datzelfde jaar werd een compleet nieuw type 3e klasse Waterstaatstation ontworpen.
Van de drie gebouwde stationsgebouwen van dit type is Meppel als enige overgebleven. Het gebouw valt op door het fronton (het driehoekige gevelbekroning) op het middendeel. Waarschijnlijk verklaart dit waarom het station wel eens voor een 2e klasse waterstaatstation wordt aangezien. Wat ook opvalt zijn de segmentbogen boven de vensters. Het is voor het eerst dat deze boogvorm bij een 3e klasse waterstaatstation worden gebruikt. Bij 4e en 5e klasse waterstaatstations waren ze al gemeengoed.
Het stationsgebouw werd in 1868 in gebruik genomen. In 1899 werd het station uitgebreid met een middenperron. Op dit nieuwe, verhoogde, middenperron werd een perronkap gebouwd. Deze monumentale perronkap staat er nog steeds. Het middenperron is overigens het enige perron dat nog wordt gebruikt. Het eerste perron, al jaren buiten dienst, is nog ouderwets laag.
Het stationsgebouw werd tijdens de Tweede Wereldoorlog zwaar beschadigd, maar gelukkig werd het gebouw volledig hersteld. Aan het begin van de jaren tachtig werd het station een Rijksmonument en werd het gerestaureerd. Daarbij werd het stationsgebouw ook opnieuw ingedeeld. De loketten werden verplaatst van de stationshal naar de linkervleugel, terwijl het restaurant in de vestibule werd gevestigd. De loketten werden in 2003 gesloten. Vanaf die tijd konden treinkaartjes in het restaurant worden gekocht, een unieke situatie in Nederland. Inmiddels is ook het restaurant verdwenen en is er een kiosk voor in de plaats gekomen.

Boven en onder: Het stationsgebouw is door de grote bomen nauwelijks in zijn geheel op de foto te krijgen.

Onder: De perronkap op het middenperron stamt uit 1899.

Onder: Perronzijde