Er wordt nogal eens beweerd dat het eerste stationsgebouw zodanig werd verbouwd dat hierdoor het tweede gebouw ontstond. Met andere woorden: het tweede gebouw zou in feite nog steeds het stationsgebouw uit 1865 zijn dat rigoureus werd verbouwd. Hier is echter maar heel weinig van waar, hooguit dat het tweede gebouw (deels) op de oude fundamenten is gebouwd! Voor zoveer ik weet is het eerste gebouw dan ook tot de laatste steen afgebroken om plaats te maken voor een geheel nieuw, en vooral groter exemplaar. Het enige dat -ten opzichte van het eerste stationsgebouw- zo ongeveer hetzelfde is gebleven is de plaats van de stationshal. Voor de rest doet het in niets denken aan haar voorganger.
Wie de architect is van dit tweede stationsgebouw is niet helemaal duidelijk. Er zijn diverse bronnen die het ontwerp toeschrijven aan een zekere P.J. Koedijk, een vrij onbekende architect. Waarschijnlijk was het een lokale architect die eenmalig voor de NCS een station ontwierp. Het heeft veel typische NCS-kenmerken, zoals de kleur van de bakstenen en de sierbanden. Toch heeft dit gebouw ook een duidelijke eigen identiteit. Het is veruit het grootste stationsgebouw dat NCS liet bouwen. Het was ook een van de laatste van deze maatschappij, dat in 1919 ophield te bestaan en opging in de Staatsspoor.
De bouw van het nieuwe stationsgebouw was onderdeel van een ombouw van het gehele stationsgebied. In de 19e eeuw was het emplacement vooral ingericht voor een depotfunctie. Het depot werd echter al in 1887 opgeheven en het stallen en (klein) onderhoud van de locs en rijtuigen werd sindsdien vanuit Zwolle verzorgd. Het emplacement werd aangepast ten gunste van het goederenvervoer. De draaischijf en de locomotievenloods (die er amper 16 jaar had gestaan!) verdwenen. Een aantal van de bijbehorende sporen werd doorgetrokken en weer aangesloten op het hoofdspoor. Zodoende ontstond een klein goederenemplacement. Bovendien kwam er een aanzienlijk grotere laad- en losplaats met enkele bijbehorende loodsen.
De spoorsteiger bleef, ondanks dat het veel minder werd gebruikt dan aanvankelijk de bedoeling was. Het uithaalspoor, dat vanaf het station en langs de spoorsteiger doorliep tot aan de Van Diggelenkade, verdween echter. Van de drie sporen die bij het stationsgebouw lagen verviel er één, maar daarvoor in de plaats kreeg het station nu wel een tweede perron. Dit tweede perron werd voorzien van een perronoverkapping. Ook het eerste station werd van een riante kap voorzien, waarmee het gebrek aan beschutting van het vorige station in ieder geval ruimschoots werd goedgemaakt!
Door die overkappingen verdween echter wel de herkenbaarheid van het stationsgebouw vanaf de stad. Bovendien kreeg het nieuwe stationsgebouw een "traditionele" opzet en kwam de voorgevel aan de straatkant aan de IJsselmuidense zijde. Volgens velen was het nieuwe gebouw esthetisch gezien allesbehalve een verbetering. Toch lijkt de architect hier wel degelijk rekening mee te hebben gehouden door het zwaartepunt van het stationsgebouw, het hoge deel met de opvallende toren aan de rechterkant, zo dicht mogelijk bij de IJsselbrug te plaatsen. Om diezelfde reden is dit ook het smalste deel van het stationsgebouw. Wanneer reizigers om de stationstoren heen lopen kijken zij vrijwel direct tegen de grote bordestrap en de luifel aan, die de ingang van het station duidelijk markeren.

Boven: Een fraaie ansichtkaart van het station vlak na de ingebruikname. Oorspronkelijk was ook het tweede perron voorzien van een perronoverkapping. Deze verdween echter vlak na de Tweede Wereldoorlog. Op de voorgrond is spoor naar de spoorsteiger goed te zien. Van de twee sporen die er voorheen lagen was er in 1912 nog maar één van overgebleven. De spoorsteiger -en dus ook dit spoortje- verdwenen uiteindelijk rond 1950.

Onder: Van het rond 1910 aangelegde emplacement is nog maar een deel bewaard gebleven. De sporen die vroeger naar het depot (locomotievenloods, draaischijf e.d.) leidden zijn al jaren geleden opgeruimd. Alleen rond de voormalige laad- en losplaats (bij de Siebrand-drankenfabriek) zijn nog enkele sporen blijven liggen. Hier is ook nog één van de laatst overgebleven loodsen te zien.

Onder: In grote tegenstelling tot het eerste stationsgebouw kreeg deze wel een perronoverkapping. Ondanks het feit dat het station nu wel met de perrongevel naar de stad gericht staat, blijft het duidelijk als station herkenbaar. En trouwens: hebben eilandstations niet hetzelfde probleem als het om herkenbaarheid gaat..?

Onder: Het tweede perron werd nog tot in de jaren zestig door militairen gebruikt. Inmiddels ligt het perron er al jaren ongebruikt bij...

Onder: Een luchtfoto uit de jaren dertig. De Nieuwe Toren (6) is prominent op de foto aanwezig, evenals de IJsselbrug (5). Door de bomen is nog net de toren van het stationsgebouw (1) te zien, dat verder volledig schuil gaat in het groen. Rechts op de foto is het goederenemplacement, dat in die tijd nog midden in het polderlandschap lag. Van de gebouwen die hier te zien zijn is de voormalige kolenloods (4) bewaard gebleven. De goederenloods (3), met daarin het administratiegebouw, verdween rond 1990. De spoorsteiger (2), die op de foto eigenlijk helemaal niet opvalt, verdween aan het einde van de jaren veertig.