Amsterdam Amstel is, samen met het naburige Muiderpoortstation, één van de allereerste NS-stations die in Nederland zijn gebouwd. Het werd in 1939 gebouwd als onderdeel van een grootschalig werkgelegenheidsproject dat was ingesteld door de Amserdamse wethouder De Miranda, in Amsterdam. Onderdeel van dit werkgelegenheidsplan was het ophogen van de spoorbaan ten oosten van Amsterdam CS, de aanleg van één groot rangeerterrein met werkplaatsen in de Watergraafsmeer en de bouw van twee nieuwe stations.

Het Amstelstation werd, zoals gezegd, in 1939 gebouwd en verving het oude Weesperpoortstation. De dienstregeling naar Utrecht werd daardoor een stuk eenvoudiger uit te voeren. Ten opzichte van het Weesperpoortstation ligt Amstel echter wel een stuk zuidelijker, destijds aan de rand van de stad. Daardoor lag het wat ongunstig. Er werd een eindpunt voor een tramlijn, een busstation en en een taxi-standplaats aangelegd. Daarmee werd het Amstelstation infeite één van de eerste echte openbaar vervoerknooppunten van Nederland. Het stationsgebouw staat loodrecht ten opzichte van de perrons. Daardoor ontstonden twee ingangen aan beiden zijden van het gebouw eneen blinde muur aan het uiteinde ervan. Aan de noordkant van het gebouw kwam een plein voor taxi's en voorrijstrook voor "halen/brengen" (kiss-and-ride kende men nog niet). Aan de zuidelijke kant werd een busstationaangelegd. De tramhalte kwam tegenover de blinde muur. Via een tunnel bereikt men de stationshal.

In de jaren zeventig werd het Amstelstation ingrijpend verbouwd. Van de vier perron-sporen bleven alleen de buitenste twee over. Op de plaats van de twee middensporen werd de nieuwe metrolijn aangelegd. En daarmee werd Amstel hèt schoolvoorbeeld van een openbaar vervoersknooppunt waarin alle vormen van openbaar vervoer (trein, bus, tram, metro en taxi) samenkomen.