Ook de bouw van het nieuwe station verliep niet altijd even vlekkeloos. Aanvankelijk was het de bedoeling dat de NCS en de HIJSM samen het nieuwe stationscomplex zouden realiseren, maar die samenwerking liep al snel op niets uit. De regering greep daarom in, en bij Koninklijk Besluit werd bepaald dat de HIJSM de opdracht voor de bouw kreeg toegewezen. De bouwkosten kwamen voor rekening van de Staat. De NCS nam hier geen genoegen mee, en probeerde, in de jaren die zouden volgen, de bouw met diverse rechtzaken te vertragen. Overigens zonder succes.
Na deze moeizame periode kon men in het voorjaar van 1898 dan eindelijk met de bouw van het nieuwe station beginnen. Allereerst werd een nieuw tracé en een nieuw spoorwegemplacement aangelegd. Een jaar later volgde de perrons. Tijdens de winter van 1900 was het emplacement grotendeels gereed, en werd begonnen met de bouw van de perrongebouwen, de perronoverkappingen, het stationsgebouw en tenslotte de luchtbrug.
Op 1 augustus 1901 werd het nieuwe station officieel in gebruik genomen. Vanaf die datum sloten het NCS-station en het station Amersfoort Staat definitief haar deuren. Het stationsgebouw was tijdens de opening overigens nog (lang) niet af. Pas een jaar later kon het stationsgebouw definitief worden opgeleverd. Het complete spoorwegcomplex kwam uiteindelijk pas in 1904 gereed, toen de wagenwerkplaats, die als laatste onderdeel van het complex werd gebouwd, in gebruik werd genomen. De bouw van het totale complex heeft ruim zes jaar in beslag genomen.

Boven: In de loop van 1902 werd het stationsgebouw in gebruik genomen. Op deze foto, waarschijnlijk genomen in oktober 1902, is men nog druk bezig met de bestrating van het stationsplein. Let ook op de paardentram, voor het station. (ansichtkaart)

Onder: Als het station in 1901 in gebruik wordt genomen is het nog lang niet af. Deze foto laat dit duidelijk zien; het station is al in gebruik, maar de luchtbrug moet nog worden gebouwd. (ansichtkaart)

Onder: Het pas in gebruik genomen station. Duidelijk te zien is het pas aangelegde emplacement. De huizen links op de foto zijn dienstwoningen. Verder is de stationsomgeving nog onbebouwd. (ansichtkaart)

Onder: De oorspronkelijke perronkap op het eerste perron. Met de bouw van deze perronoverkapping was men destijds gauw klaar; het was namelijk de oude kap van station Amersfoort Staat uit 1886, dat voor dit station werd hergebruikt. Deze kap werd overigens in 1942 al grotendeels afgebroken. Het restant verdween zo'n dertig jaar later.