Ook de bouw van het nieuwe station verliep niet altijd even vlekkeloos. Aanvankelijk was het de bedoeling dat de NCS en de HIJSM samen het nieuwe stationscomplex zouden realiseren, maar die samenwerking liep al snel op niets uit. De regering greep daarom in, en bij Koninklijk Besluit werd bepaald dat de HIJSM de opdracht voor de bouw kreeg toegewezen. De bouwkosten kwamen voor rekening van de Staat. De NCS nam hier geen genoegen mee, en probeerde, in de jaren die zouden volgen, de bouw met diverse rechtzaken te vertragen. Overigens zonder succes.
Na deze moeizame periode kon men in het voorjaar van 1898 dan eindelijk met de bouw van het nieuwe station beginnen. Allereerst werd een nieuw tracé en een nieuw spoorwegemplacement aangelegd. Een jaar later volgde de perrons. Tijdens de winter van 1900 was het emplacement grotendeels gereed, en werd begonnen met de bouw van de perrongebouwen, de perronoverkappingen, het stationsgebouw en tenslotte de luchtbrug.
Op 1 augustus 1901 werd het nieuwe station officieel in gebruik genomen. Vanaf die datum sloten het NCS-station en het station Amersfoort Staat definitief haar deuren. Het stationsgebouw was tijdens de opening overigens nog (lang) niet af. Pas een jaar later kon het stationsgebouw definitief worden opgeleverd. Het complete spoorwegcomplex kwam uiteindelijk pas in 1904 gereed, toen de wagenwerkplaats, die als laatste onderdeel van het complex werd gebouwd, in gebruik werd genomen. De bouw van het totale complex heeft ruim zes jaar in beslag genomen.

Rechts: Als het station in 1901 in gebruik wordt genomen is het nog lang niet af. Deze foto laat dit duidelijk zien; het station is al in gebruik, maar de luchtbrug moet nog worden gebouwd. (ansichtkaart)