Het had trouwens maar weinig gescheeld of het spoor tussen Gouda en Utrecht had niet langs Woerden maar langs Oudewater gelopen. In laatstgenoemde stadje zou dan een station komen en in Woerden niet. Tegenwoordig is dit bijna niet meer voor te stellen, maar vergeet niet dat Oudewater in die tijd (rond 1855) nog een behoorlijke, middelgrote stad was. Uiteindelijk wist het stadsbestuur van Woerden de NRS zover te krijgen dat de spoorlijn via hun stad zou gaan lopen.
Zoals al aangegeven was het eerste stationsgebouw een eenvoudige houten "directiekeet". Het was destijds gebruikelijk bij de NRS om de nieuwe stations eerst van een eenvoudig gebouwtje te voorzien. Als een station "zich bewezen had" kon altijd nog een definitief gebouw worden neergezet. Wat in het geval van Woerden ook nog meegespeeld kan hebben is het feit dat Woerden in de negentiende eeuw nog een garnizoensstad was en het station vlakbij de stadsomwalling staat. In die tijd gold de Kringenwet, en die bepaalde dat binnen het zogenoemde schootsveld (het gebied dat binnen een straal van zo'n 300 meter vanaf de buitenrand van omwalling) geen permanente (lees: stenen) gebouwen mochten staan. Alleen houten gebouwen en andere bouwwerken die, in geval van oorlog, snel konden worden afgebroken waren toegestaan. Nu werden deze semi-permanente stationsgebouwen door de Nederlandse Staat gebouwd, maar de wet gold uiteraard ook voor de andere spoorwegmaatschappijen.
In 1869 wordt Woerden een overstapstation als de bekende sporendriehoek tussen Harmelen, Breukelen en Utrecht gereed komt. Woerden krijgt hierdoor rechtstreekse spoorverbindingen met de vier grote steden. In 1878 komt daar nog een grote stad bij als de spoorlijn naar Leiden in gebruik wordt genomen. Bij deze gelegenheid wordt tevens het emplacement aangepast en uitgebreid. Het voor station Woerden zo kenmerkende emplacement met twee eilandperrons en slechts drie (!) perronsporen kwam rond deze tijd tot stand en zou uiteindelijk zo'n 115 jaar vrijwel ongewijzigd blijven. Het houten stationsgebouwtje bleef echter bestaan, ondanks het feit dat de Kringenwet enige jaren tevoren al was ingetrokken. Weliswaar had NRS in de voorgaande periode al een aantal tijdelijke stationsgebouwtjes vervangen, maar na het gereedkomen van station Ede-Wageningen, in 1879, kwam hier abrupt een einde aan. Mogelijk was dit al een aanwijzing dat deze spoorwegmaatschappij er financieel niet al te best voorstond. In 1890 ging de NRS dan ook failliet en werd overgenomen door Staatsspoor. De laatste nog resterende "tijdelijke" stationsgebouwen van de voormalige NRS zouden uiteindelijk pas na de eeuwwisseling naar de twintigste eeuw worden vervangen. Het station van Woerden had de twijfelachtige eer hierin de hekkensluiter te zijn. Pas rond 1911 begon de bouw van een nieuw stationsgebouw. Maar het lange wachten zou rijkelijk worden beloond…

Boven: Een blik vanaf het perron op het station, zo rond de vorige eeuwwisseling. Links op de achtergrond is -een beetje vaag- de ruim 77 meter hoge toren van de nieuwe Bonaventurakerk te zien. Het eerste stationsgebouw in Woerden was een eenvoudig bouwwerk dat voornamelijk van hout was vervaardigd. Alhoewel het als "tijdelijk stationsgebouw" was bedoeld heeft het uiteindelijk ruim 55 jaar dienst gedaan, totdat het nieuwe stationsgebouw in 1913 gereed kwam. Overigens waren er steden die het nog veel langer met een semi-permanent stationsgebouw moesten doen. Denk hierbij aan Venlo (tot 1958), Bergen op Zoom (tot 1971) of Breda (1975).

Onder: Een ansichtkaart van het eerste station uit (ongeveer) 1890. Duidelijk te zien zijn de twee eilandperrons met daar tussen slechts één spoor. Dit voor het Woerdense station zo kenmerkende emplacement zou tot ver in de jaren negentig van de twintigste eeuw vrijvel ongewijzigd blijven.

Onder: Een plattegrond van Woerden, zoals het er rond 1870 uitzag. Destijds was Woerden als garnizoensstad nog en echte vestingstad, met zelfs een dubbele omwalling. Duidelijk is te zien dat het station vrij dicht bij deze omwalling staat, binnen het zogenoemde schootsveld. Tegenwoordig zijn alleen de contouren van de buitenste omwalling nog te zien. De binnenste omwalling is vrijwel geheel verdwenen, maar het oude stratenpatroon is nog vrijwel intact. Opvallend: de Bonaventurakerk is al op het plattegrondje tekend, terwijl in werkelijkheid deze kerk pas ruim 20 jaar later werd ingewijd. Waarschijnlijk was de kerk rond 1870 al in aanbouw. Ook opvallend is de best wel forse loopafstand tussen het station en de stad, ondanks het feit dat deze er zo dicht bij staat. Iets wat overigens gebruikelijk was bij vestingsteden. De looproute naar (het centrum van) de stad is tot op de dag van vandaag ongewijzigd gebleven.

Onder: Een luchtfoto van het centrum van Woerden uit het begin van de jaren zestig, dus zo'n negentig jaar later. Vergeleken met het kaartje hiernaast is er in die tijd veel veranderd, en toch ook weer niet... Behalve de Bonaventurakerk is ook molen "De Windhond" een goed herkenningspunt. Een echte walmolen is het allang niet meer, maar rondom de molen is de vroegere omwalling nog goed te herkennen.