De Tweede Wereldoorlog had trouwens ook bijna het einde van het voortbestaan van station Vleuten betekend. In de eerste jaren na de bevrijding werd er niet meer in Vleuten gestopt. Er was in die tijd een groot gebrek aan materieel en wat wel voorhanden was werd zo efficiënt mogelijk ingezet. Wellicht dat om die reden Vleuten tijdelijk uit de dienstregeling werd gehaald. Maar in 1948 dreigde het station voorgoed opgeheven te worden, de toenmalige burgemeester maakte zich echter -met succes overigens- sterk voor behoud van het station. Het was bepaald niet de eerste keer dat een burgemeester uit deze gemeente zich intensief met het station ging bemoeien, denk bijvoorbeeld nog maar even terug aan de moeizame totstandkoming van de eerste halte. Het station werd in de jaren dertig ook al met sluiting bedreigd en ook toen zorgde de toenmalige burgemeester ervoor dat dit niet doorging. Ditmaal met een wel heel opmerkelijke actie: er heerste in die tijd een enorme wereldwijde economische crisis met heel veel werkloosheid. Daarom kregen -naar verluid- alle werkloze jongeren in Vleuten een gratis treinabonnement zodat ze op en neer naar Utrecht konden reizen om daar werk te zoeken. Zodoende kon het station gewoon in functie blijven…
De tijden zijn inmiddels enorm veranderd. Al sinds een aantal jaar zit het reizigersvervoer op station Vleuten behoorlijk in de lift, niet in de laatste plaats dankzij de enorme bevolkingsgroei in dit gebied. Maar de voortschrijdende tijd had voor station Vleuten ook een keerzijde. Naast de bijna halvering van het stationsgebouw raakte het station ook haar goederenvervoer kwijt. Niet dat dit nu zoveel voorstelde, maar toch beschikte het station wel degelijk over een laad- en losplaats. Na het staken van het goederenvervoer verdween deze overigens om plaats te maken voor een parkeerstrook. Zoals bij zoveel kleinere stations betekende de invoering van de kaartautomaat het einde van de loketten. In Vleuten gebeurde dit in 2001, waardoor het stationsgebouw haar functie verloor en leeg kwam te staan. Het gebouwtje was toen al een gemeentelijk monument, het voortbestaan ervan heeft dan ook niet ter discussie gestaan. Sinds 2004 is er in het voormalige stationsgebouw een bloemenzaak gevestigd.
Op dat moment was het al duidelijk dat het voormalige stationsgebouw haar station zou kwijtraken. Aan het einde van de jaren negentig werd gestart met het project "Randstadspoor" (niet te verwarren met RandstadRail), waarbij op de spoorlijnen rondom Utrecht een soort metro-achtige treindienst zal worden uitgevoerd. Voor het spoor tussen Utrecht en Woerden betekende dit een verdubbeling naar vier sporen. In Vleuten en de nieuwe wijk Leidsche Rijn werd de spoorlijn tevens opgehoogd en er werden twee nieuwe stations gerealiseerd (Utrecht Terweide is al geruime tijd in gebruik, Utrecht Leidsche Rijn volgt deze zomer). Ook Vleuten kreeg een nieuw station, maar deze werd wel zo'n driehonderd meter naar het westen opgeschoven.
De verhoging van het spoor in Vleuten werd gefaseerd uitgevoerd, waarbij eerst de twee nieuwe hooggelegen sporen in gebruik werden genomen. Bij deze gelegenheid werd op 5 november 2007 het nieuwe station Vleuten in gebruik genomen. Direct hierna werden de oude perrons opgeruimd en werden de laaggelegen sporen opgebroken, zodat ook dit deel van de bijna 5 meter hoge spoordijk kon worden aangelegd. Op 21 juni 2010 werd het nieuwe viersporige traject door Vleuten in gebruik genomen.

Boven: Het stationsgebouw valt bijna in het niet naast die hoge spoordijk. Bovendien wordt het beeld ook nog eens verstoord door een lelijk (maar beslist noodzakelijk!) hoogteportaal. Nu de werkzaamheden zijn afgerond, zijn de voordelen ervan toch ook wel duidelijk te zien. Neem nu bijvoorbeeld het verdwijnen van die drukke overweg… De verplaatsing van station Vleuten gebeurde, zoals al eerder aangegeven, om meerdere redenen. Genoemd was al het feit dat de nieuwe halte nu veel beter aansluit bij de nieuwe stadswijken die op dit moment nog volop in ontwikkeling zijn. Maar er was ook een puur praktische reden, die hier overigens ook wel te zien is: er was op deze plek eenvoudigweg geen ruimte. Ook de ligging van de Wilhelminalaan zal ongetwijfeld een rol hebben gespeeld, viaductstations worden in principe alleen op rechte kruisingen gebouwd.

Onder: Middels dit bord werden reizigers in Vleuten geïnformeerd over de verplaatsing van het station. Op vrijdag 2 november 2007 was het oude station voor het laatst open. Tijdens het daaropvolgende weekeinde was het spoor buiten dienst gesteld, zodat het nieuwe spoor op het net kon worden aangesloten en de oude sporen juist werden losgekoppeld. Op maandag 5 november 2007 werd het nieuwe traject in dienstgesteld en had Vleuten een nieuw station.

Onder: in de verhoogde spoorbaan tussen Vleuten en het Amsterdam-Rijnkanaal zijn in totaal zestien onderdoorgangen gebouwd, de drie nieuwe stations hierbij inbegrepen. In Vleuten werden de onderdoorgangen op een bijzonder fraaie manier afgewerkt. Kunstenares Louise Hessel wisselt mozaïeken af met afbeeldingen die betrekking hebben op Vleuten en omgeving. In de onderdoorgang aan de Wilhelminalaan zijn hierbij bijvoorbeeld het oude station van Vleuten (beide foto's onder) en het vroegere gemeentewapen (linksboven) te zien. Bij een andere onderdoorgang komt de Romeinse opgravingen in Leidsche Rijn aan bod, en uiteraard ontbreekt ook kasteel "De Haar" niet.

Onder: De nieuwe halte Vleuten werd, net als het viersporige traject, gefaseerd gebouwd. In 2007 werd het eerste deel in gebruik genomen. Dit was de zuidelijke helft van het station, het gedeelte dat langs spoor 1 ligt. Langs het huidige spoor 2 lag een tijdelijk perron. De noordelijke helft van het station, het deel dat op deze foto is te zien, volgde in de vroege zomer van 2010. Het station is een nieuw type standaardstation, het zogenoemde "Randstadspoorstation", ontworpen door architecte Nienke van der Lune.