Zwolle had als enige waterstaatsstation in Nederland een grote boogkap over de perrons. De oorspronkelijke kap had sikkelvormige gietijzeren spanten. Het was de grootste kap in haar soort, en lange tijd was het ook de laatst overgebleven kap.
Maar de kap verkeerde in zeer slechte staat. Bij storm moest het station zelfs ontruimd worden, omdat de veiligheid van de reizigers niet meer kon worden gegarandeerd. Omdat het station en de kap beschermd rijksmonument zijn, werd eerst onderzocht of de kap nog gerestaureerd kon worden. Dit bleek niet meer te kunnen, de kap moest gesloopt worden. Dit ging -uiteraard- gepaard met het nodige verzet. Maar het probleem was nu eens niet het eventuele kostenplaatsje van de restauratie, maar het feit dat er zoveel verstevigingen aangebracht moesten worden dat de kap niet meer authentiek was. De oude, doorgezakte en verroestte spanten vervangen door nieuwe gietijzeren exemplaren was ook geen optie. De oude spanten waren namelijk doorgezakt door de bovenleiding. Dit zou bij de nieuwe spanten ook weer gebeuren. Alle protesten ten spijt; de kap werd uiteindelijk in 1991 gesloopt. Er werd een nieuwe kap gebouwd naar een ontwerp van J.J. Garvelink. Het werd ook een boogkap, maar dit keer met stalen spanten. De kap werd in 1995 opgeleverd.