In 1843 werd dit station door de NRS gebouwd als beginstation voor de lijn Amsterdam-Arnhem. Aanvankelijk bestond het station uit twee vrij simpele gebouwtjes aan weerszijden van het spoor. Rond 1863 werd het emplacement vergroot en verdwijnt het uitgangsgebouw. Ook het overgebleven gebouw wordt flink vergroot. Tevens krijgt het station een gietijzeren overkapping, Deze overkapping is een Brits ontwerp en was de eerste in haar soort in Nederland.
Lange tijd was Weesperpoort het belangrijkste station van Amsterdam. Totdat in 1889 het Centraal Station in gebruik werd genomen en dat het nieuwe beginstation voor de verbinding met Arnhem werd. Via een verbindingsboog sloot de lijn naar Utrecht nog wel aan op het Weesperpoort-station. Maar dit bleek in de praktijk erg lastig uit te voeren.
Toen de spoorbaan in 1939 werd opgehoogd werd tevens het, iets verderop gelegen, Amstel Station gebouwd. Dit betekende het einde voor het Weesperpoort-station. Op de plaats waar het station heeft gestaan ligt nu het Rhijnspoorplein. De spoorbaan werd opgebroken en maakte plaats voor de Weesperpoortstraat, later omgedoopt tot Wibautstraat. Op de plaats van het vroegere Weesperpoortstation staan nu de gebouwen van de Hoogeschool van Amsterdam. Tegenwoordig herinneren alleen een monumentje bij het Rhijnspoorplein én de kromming in de Vrolikstraat nog aan het Weesperpoort station.

Boven: Het stationsgebouw, op een ansichtkaart uit het begin van de twintigste eeuw.

Onder: De sloop van het Weesperpoortstation; De stationskap -destijds de eerste in Nederland- wordt nu, onder grote belangstelling, omvergetrokken door een stoomloc. Op de kap is nog net "1939" te lezen. Dit had te maken met de viering van het 100-jarig bestaan van de spoorwegen in dat jaar.

Onder: Het enige wat nog herinnerd aan het vroegere Weesperpoortstation zijn dit beeldje en de naam van het verkeersplein: Rhijnspoorplein.

Onder: Het Rhijnspoorplein anno 2001. Op de plaats van het vroegere Weesperpoortstation staan nu de gebouwen van de Hogeschool van Amsterdam.