Het stationsgebouw heeft in de loop van de jaren de nodige veranderingen ondergaan. Zo werd, omstreeks 1905, een houten portaal voor de ingang geplaatst. In 1933 werd het gebouw uitgebreid met, aan weerszijden, een lage goederenloods. In de tweede helft van de jaren zeventig werd op het eilandperron een perronoverkapping geplaatst.
Oorspronkelijk was het gebouw niet witgepleisterd, maar bestonden de gevels gedeeltelijk uit imitatie -natuursteen. De daken van de zijvleugels staken, zowel aan de voor- als aan de achterzijde, behoorlijk uit. Aan de perrongevel vormden ze zo een bescheiden perronluifel. De vorm van deze daken, waarbij het onderste deel minder steil was dan de rest dan het dak, was dezelfde als bij de overige stations langs de lijn Leiden-Woerden. De overhangende delen werden overigens al lang geleden verwijderd. Waarschijnlijk zijn deze tijdens een verbouwing in de jaren dertig verwijderd. In diezelfde tijd werden de oude vensters, met een gebogen bovenrand, vervangen door rechte exemplaren. Het was best wel opmerkelijk dat de raampartijen uit hoge, smalle vensters bleef bestaan en niet werden vervangen door grotere vensters. Zo behield het stationsgebouw haar karakteristieke gevel, al was daar op het laatst weinig authentieks meer aan te zien. Dit zal er ongetwijfeld mede voor gezorgd hebben dat het stationsgebouw nooit een monumentale status kreeg.
In 1978, het jaar waarin het station haar eeuwfeest vierde, verschenen de eerste berichten over een aanstaande sloop van het stationsgebouw. Voorlopig kwam het er echter niet van, in 1986 werd het stationsgebouw zelfs volledig gerenoveerd. Toch werd het stationsgebouw in de jaren daarna nog meerdere keren met sloop bedreigd. In 2003 hakte de gemeenteraad van Alphen aan den Rijn de knoop definitief door; het stationsgebouw moest verdwijnen en plaats maken voor een nieuw gebouw. De NS had -uiteraard- geen bezwaar tegen de sloop van het oude stationsgebouw, maar voelde weinig voor een nieuw stationsgebouw. Ondanks protesten ging het stationsgebouw in september 2007 alsnog tegen de vlakte.

Boven: Dit is waarschijnlijk de oudste foto van het stationsgebouw. Het werd rond 1885 genomen. De overstekende dakdelen van de zijvleugels gaan boven de ingang over in een luifel. Deze luifel werd rond 1905 gesloopt om plaats te maken voor een ingangsportaal. Daarbij verdewenen ook de glas-in-lood vensters, die hier nog boven de deuren te zien zijn.

Onder: Aan de auto te zien dateert waarschijnlijk uit het begin van de jaren dertig.. Het stationsgebouw heeft nog de oorspronkelijke vensters en heeft nog de overstekende daken. De twee lage goederenloodsen, die in 1933 werden aangebouwd, ontbreken nog. (ansichtkaart)

Onder: Het stationsgebouw in 2001.

Onder: Het stationsgebouw aan het begin van de jaren zestig. Het gebouw is nu geheel witgepleisterd. Het stationsplein is afgegraven, waardoor er een bordes voor de stationsingang ontstond.